Schon bald nach der nationalsozialistischen Regierungsübernahme 1933 begannen staatlich sanktionierte Terrormaßnahmen gegen jüdische Geschäfte und Wohnungen, Synagogen und Friedhöfe. Bislang bereits latent vorhandener Antisemitismus schlug nun in offene Gewalt um.
Radikaler Antisemitismus und Rassismus, Hauptelemente einer inhumanen Ideologie, bestimmten das politische Handeln, das auf die systematische Entrechtung, Enteignung und letztendlich Vernichtung der jüdischen Bevölkerung zielte. 1933 lebten in Jena 111 jüdische Bürger (dies entsprach etwa 0,2 % der städtischen Gesamtbevölkerung), deren Diffamierung und Ausgrenzung aus dem öffentlichen Leben schrittweise erfolgte. Die planmäßige Zerstörung der Arbeits- und Lebensgrundlagen betraf jüdische Beamte, Ärzte und Rechtsanwälte, Hochschullehrer mussten die Universität verlassen, bisher angesehene jüdische Geschäftsleute wurden boykottiert.
Am 28. Oktober 1938 verhafteten die NS-Behörden die in Deutschland lebenden Juden mit polnischer Staatsangehörigkeit. Aus Jena betraf diese früheste Massendeportation vierzehn Kinder, Frauen und Männer, die zwangsausgewiesen wurden. Sie gelten als verschollen, vermutlich wurden alle in Vernichtungslagern ermordet.
Mit der Pogromnacht vom 9. November 1938 begann die physische Vernichtung derjenigen Juden, die Deutschland bis dahin noch nicht verlassen hatten. 18 jüdische Männer aus Jena waren am 10. November 1938 in das Konzentrationslager Buchenwald verschleppt worden. Die Zwangs“arisierung“ jüdischer Geschäfte, die Ausweisung der Juden aus ihren Wohnungen und die entwürdigende Einweisung in Notunterkünfte, so in Jena in das Waggonlager in der Löbstedter Straße, waren Etappen auf dem Leidensweg bis zur Deportation in die Vernichtungslager. Der erste Transport aus Mitteldeutschland, darunter 9 Personen aus Jena, erfolgte am 10. Mai 1942 in das Ghetto Bełżyce. Der letzte Transport aus Thüringen nach Theresienstadt fand am 31. Januar 1945 statt.
Nach bisherigem Erkenntnisstand wurden etwa 100 Personen, für die Jena Geburtsstadt oder längere Zeit Lebensmittelpunkt war, in Konzentrations- und Vernichtungslager deportiert. Die meisten von ihnen wurden ermordet oder starben aufgrund der unmenschlichen Verhältnisse in den Lagern. Vier Jenaer Frauen nahmen sich nach Erhalt der Deportationsbefehle das Leben.
Nicht alle Schicksale konnten bis heute aufgeklärt werden. Hier bedarf es auch zukünftig weiterer intensiver Nachforschungen.
