Die Religionsgemeinschaft der Zeugen Jehovas wurde in der NS-Zeit durch die Geheime Staatspolizei gnadenlos verfolgt und schärfsten Repressionen unterworfen, so auch im NS-Gau Thüringen. Aufgrund ihres Glaubens vertraten die Zeugen Jehovas antimilitaristische Überzeugungen.
Zudem weigerten sie sich, Wehrdienst in der Wehrmacht zu leisten und äußerten ihre Vorbehalte gegen Hitlergruß und Führerkult. Nicht wenige von ihnen verstarben an den Haftfolgen in Gefängnissen und Konzentrationslagern oder wurden wegen „Wehrkraftzersetzung“ hingerichtet.
Einige Einwohner aus dem heutigen Stadtgebiet Jenas wurden wegen ihrer Zugehörigkeit zu dieser Religionsgemeinschaft und des Bekenntnisses zu ihrem Glauben inhaftiert. Todesfälle konnten bisher nicht ermittelt werden. Ähnliches gilt für die in Jena tätigen Pfarrer und Anhänger der Bekennenden Kirche, die sich gegen die bereitwillige Gleichschaltung vieler Landeskirchenräte wandten und die von den meisten evangelischen Landeskirchen herausgekehrte Nähe zum NS-Regime kritisierten. Mehrere Angehörige der Jenaer Bekenntnisgemeinschaft wurden überwacht und im Einzelfall verhaftet. Auch ehemalige Mitglieder von Freimaurer-Logen aus Jena unterlagen dem fortgesetzten Misstrauen des Regimes. Sie wurden vom Sicherheitsdienst der SS bespitzelt.
